Megapharm ka krijuar një sistem pajtueshmërie të quajtur “Megapharm Compliance”, i cili e ndihmon kompaninë dhe punonjësit e saj që të ndjekin të gjitha rregulloret dhe procedurat e përcaktuara, duke zbatuar kornizën ligjore në të gjitha operacionet e saj.
Për këtë arsye në kompani hartohen rregullore të brendshme, të cilat u shpërndahen të gjithë punonjësve që ata të veprojnë në përputhje të plotë me standardet e përcaktuara. Në raste ndryshimesh apo risish, punonjësit trajnohen duke u informuar hollësisht për to. Kujdesi për punonjësit dhe për mjedisin e punës, si edhe ruajtja e imazhit të kompanisë dhe respektimi i rregulloreve të brendshme janë elemente tejet të rëndësishme të punës në Megapharm.